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文章题目是“Homoeologs: What Are They a

简介: 文章题目是“Homoeologs: What Are They and How Do We Infer Them?”(DOI:https://doi.org/10.1016/j.tplants.2016.02.005)

直系同源基因和旁系同源的概念还是比较容易理解的,但是放到小麦里就有点迷糊了。

image-20191204223007806举个例子,水稻的GW2基因,那么在小麦里的直系同源基因就有3个,分别是TaGW2-A1、TaGW2-B1和TaGW2-D1。

进一步,TaGW2-A1、TaGW2-B1和TaGW2-D1之间是什么关系,该如何称呼?

我的理解应该是直系同源基因,但这又与直系同源基因的定义。

即TaGW2-A1、TaGW2-B1和TaGW2-D1之间是部分同源基因。

其实,如果是研究小麦的老兵,尤其是从小麦细胞遗传学时代过来的人对这个词还是比较熟悉的。

下面我们借助16年发表在Trends in Plant Science上的文章来梳理下。

文章题目是“Homoeologs: What Are They and How Do We Infer Them?”(DOI:https://doi.org/10.1016/j.tplants.2016.02.005)。

image-20191204221429928小麦是异源多倍体 (allopolyploidy)。

多倍体类型是通过在减数中期显微镜下观察到的染色体配对行为来区分的,如下图所示,同源多倍体更容易形成多价染色体结构,异源多倍体在减数过程中通常形成二价染色体组合。

image-20191204224739025What Are Homoeologs?It is first important to make the distinction between homology and homoeology. The prefix ‘homo-’ comes from the Latin (and ancient Greek) word for ‘same’, whereas the prefix ‘homoeo’ means ‘similar to’ . Homoeology has alternatively been spelled as ‘homeology’ (Box 2). Both terms he a history of var and, at times, inconsistent usage in different fields, but in biology it is now generally accepted that homology indicates ‘common ancestry’; by coast, ‘homoeology’ is more ambiguous.下图为:Homoeo和homeo两个词使用频率随年份的变化image-20191204230006250第一使用“Homoeologs”这个词还是在我们小麦里,如下图。

image-20191204225817841对homoeology这次词的理解和使用在不同的研究中会有所不同image-20191204230253435image-20191204230339795A Unifying, Evolutionarily Precise Definition of Homoeologyimage-20191204230739284image-20191204230836015Implications of the Definition for Positional Conservation and Relationship Cardinalityimage-20191204231052063image-20191204231143691同源基因之间的关系必须是一对一吗?

1、Wet Lab Techniques Based on Probe Hybridization or PCR Amplification2、Comparative Mapping and Positional Homoeology3、Similarity-Based Computational Techniques4、Evolution-Based Computational Techniques在小麦里,对于大部分基因还是比较容易鉴定的,去年science上的小麦文章也已经列好放在附件了。

一般是使用blast搜索,然后看看最相似的前几条基因或序列,是否是位于同一个部分同源内的染色体上,在染色体上的位置是否也是相似的,还不能判断那就根据多看看几个旁侧的基因来辅助判断。

如果还不行,那就动嘴问问老师,或者在我们群里问问也是可以的。


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